Der Fachdienst Wasser- und Bodenschutz nimmt die der Unteren Wasserbehörde und der Unteren Bodenschutzbehörde übertragenen Aufgaben nach den wasser- und bodenschutzrechtlichen Bestimmungen (Wasserhaushaltsgesetz, Hess. Wassergesetz, Bundes-Bodenschutzgesetz, Hess. Altlasten- und Bodenschutzgesetz) wahr. 

Hierzu gehört der Schutz der oberirdischen Gewässer mit ihren Ufern und des Grundwassers als Bestandteile des Naturhaushalts, als Lebensgrundlage des Menschen, als Lebensraum für Tiere und Pflanzen sowie als nutzbares Gut. Schädliche Bodenveränderungen sind abzuwehren, Sanierungen zu überwachen und Vorsorge gegen nachteilige Einwirkungen auf den Boden zu treffen.